Молекулярная динамика взаимодействий фармакологических пар вектор-рецептор для моделирования перспективных механизмов и процессов специфической доставки лекарств в опухоль
Аннотация
В настоящей работе проведены компьютерные молекулярно-динамические (МД) исследования процессов взаимодействия фармакологической пары «ВЕКТОР-РЕЦЕПТОР» для моделирования перспективных механизмов и процессов специфической доставки лекарств в опухоль. Целью настоящих вычислительных МД-расчетов являются процессы взаимодействия и определение пространственных положений системы RGD-пептида + рецептора αvβ3-интегрина, сольватированного водой. Из МД-моделирования получены конфигурационные положения системы RGD-пептид + αvβ3-интегрина в 100 нс релаксированных состояний. При этом были смоделированы два RGD-пептида находящимися вне и внутри рецептора αvβ3-интегрина. Один из двух RGD представляет собой пептид исходного файла PDB, локализованный внутри рецептора αvβ3-интегрина. Другой RGD-пептид в исходном положении находится вне рецептора, свободно диффундирует по всей области ячейки моделирования и естественным образом вступает в контакт и связывается с αvβ3-интегрином
Ключевые слова
При поддержке: Работа выполнена в рамках государственного задания Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (№ 1024011000011-7-1.4.2;3.5.2 Конъюгаты борсодержащих квантовых точек с биовекторами для диагностики и бор-нейтронозахватной терапии поверхностных злокачественных опухолей (FEEM-2024-0011)). Работа выполнена в рамках совместной исследовательской программы ОИЯИ – Государственный университет «Дубна». МД-расчеты проводились на серверах Гетерогенной платформы «HybriLIT» Многофункционального информационно-вычислительного комплекса (МИВК) Лаборатории информационных технологий им. М.Г. Мещерякова, ОИЯИ
Об авторах
Холмирзо Тагойкулович Холмуродов
1. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
2. Лаборатория нейтронной физики им. И.М. Франка, Объединенный институт ядерных исследований, Дубна, Россия
3. Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова», Москва, Россия
4. Физико-технический институт им. С.У. Умарова Национальной академии наук Таджикистана, Душанбе, Таджикистан
Россия
Россия
Мирзоазиз Ашур Хусензода
Таджикский технический университет им. ак. М.С. Осими, Душанбе, Таджикистан
Таджикистан
Таджикистан
Иван Андреевич Байгунов
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
Россия
Россия
Павел Павлович Гладышев
1. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
2. Филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Петербургский институт ядерной физики им. Б.П. Константинова Национального исследовательского центра «Курчатовский институт» - Институт высокомолекулярных соединений, Санкт-Петербург, Россия
Россия
Россия
Елена Дмитриевна Грибова
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
Россия
Россия
Наталья Александровна Полотнянко
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
Россия
Россия
Ирина Владимировна Мухина
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
Россия
Россия
Список литературы
1. Case D.A., Cheatham T.E., III, Darden T., Gohlke H., Luo R. et al. The Amber biomolecular simulation programs. Journal of Computational Chemistry. 2005;26:1668-1688.
2. Case D.A., Aktulga H.M., Belfon K., Cerutti D.S., Cisneros G.A. et al. AmberTools. Journal of Chemical Information and Modeling. 2023;63:6183-6191.
3. Lee T.-S., Mermelstein D., Lin C., LeGrand S., Giese T.J. et al. GPU-accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: performance enhancements and new features. Journal of Chemical Information and Modeling. 2018;58:2043-2050.
4. Kholmurodov Kh.T. Models in Bioscience and Materials Research: Molecular Dynamics and Related Techniques. New York: Nova Science Publishers. 2013. p. 1- 208.
5. Kholmurodov Kh.T. Computational Materials and Biological Sciences. New York: Nova Science Publishers. 2015. p. 1– 188.
6. DOI: https://doi.org/10.2210/pdb3ZE2/pdb). (PDB ID: 3ZE2).
Дополнительные файлы
Рецензия
Для цитирования:
Холмуродов Х.Т., Хусензода М.А., Байгунов И.А., Гладышев П.П., Грибова Е.Д., Полотнянко Н.А., Мухина И.В. Молекулярная динамика взаимодействий фармакологических пар вектор-рецептор для моделирования перспективных механизмов и процессов специфической доставки лекарств в опухоль. Физика, химия и науки о Земле. 2025;(1):19-30.
Просмотров:
10
Послать статью по эл. почте 