Молекулярная динамика взаимодействий фармакологических пар вектор-рецептор для моделирования перспективных механизмов и процессов специфической доставки лекарств в опухоль
Abstract
В настоящей работе проведены компьютерные молекулярно-динамические (МД) исследования процессов взаимодействия фармакологической пары «ВЕКТОР-РЕЦЕПТОР» для моделирования перспективных механизмов и процессов специфической доставки лекарств в опухоль. Целью настоящих вычислительных МД-расчетов являются процессы взаимодействия и определение пространственных положений системы RGD-пептида + рецептора αvβ3-интегрина, сольватированного водой. Из МД-моделирования получены конфигурационные положения системы RGD-пептид + αvβ3-интегрина в 100 нс релаксированных состояний. При этом были смоделированы два RGD-пептида находящимися вне и внутри рецептора αvβ3-интегрина. Один из двух RGD представляет собой пептид исходного файла PDB, локализованный внутри рецептора αvβ3-интегрина. Другой RGD-пептид в исходном положении находится вне рецептора, свободно диффундирует по всей области ячейки моделирования и естественным образом вступает в контакт и связывается с αvβ3-интегрином
About the Authors
Холмирзо Холмуродов
1. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
2. Лаборатория нейтронной физики им. И.М. Франка, Объединенный институт ядерных исследований, Дубна, Россия
3. Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова», Москва, Россия
4. Физико-технический институт им. С.У. Умарова Национальной академии наук Таджикистана, Душанбе, Таджикистан
Russian Federation
Russian Federation
Мирзоазиз Хусензода
Таджикский технический университет им. ак. М.С. Осими, Душанбе, Таджикистан
Tajikistan
Tajikistan
Иван Байгунов
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
Russian Federation
Russian Federation
Павел Гладышев
1. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
2. Филиал федерального государственного бюджетного учреждения «Петербургский институт ядерной физики им. Б.П. Константинова Национального исследовательского центра «Курчатовский институт» - Институт высокомолекулярных соединений, Санкт-Петербург, Россия
Russian Federation
Russian Federation
Елена Грибова
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
Russian Federation
Russian Federation
Наталья Полотнянко
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
Russian Federation
Russian Federation
Ирина Мухина
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Университет «Дубна», Дубна, Россия
Russian Federation
Russian Federation
References
1. Case D.A., Cheatham T.E., III, Darden T., Gohlke H., Luo R. et al. The Amber biomolecular simulation programs. Journal of Computational Chemistry. 2005;26:1668-1688.
2. Case D.A., Aktulga H.M., Belfon K., Cerutti D.S., Cisneros G.A. et al. AmberTools. Journal of Chemical Information and Modeling. 2023;63:6183-6191.
3. Lee T.-S., Mermelstein D., Lin C., LeGrand S., Giese T.J. et al. GPU-accelerated molecular dynamics and free energy methods in Amber18: performance enhancements and new features. Journal of Chemical Information and Modeling. 2018;58:2043-2050.
4. Kholmurodov Kh.T. Models in Bioscience and Materials Research: Molecular Dynamics and Related Techniques. New York: Nova Science Publishers. 2013. p. 1- 208.
5. Kholmurodov Kh.T. Computational Materials and Biological Sciences. New York: Nova Science Publishers. 2015. p. 1– 188.
6. DOI: https://doi.org/10.2210/pdb3ZE2/pdb). (PDB ID: 3ZE2).
Supplementary files
Review
For citations:
, , , , , , . Physics, Chemistry and Earth Sciences. 2025;(1):19-30. (In Russ.)
Views:
9
Email this article 